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Em um futuro não muito distante surge o vírus Medusa. Completamente
incurável, todas as pessoas infectadas ao poucos têm sua pele enrijecida
e escurecida, tomando a aparência de uma estátua.
Sem meios de combater a doença naquele momento, 160 pessoas são
sorteadas e colocadas em sono criogênico, para aguardar por uma possível
cura.Os sorteados acordam em meio a um mundo completamente diferente. As instalações onde eles repousavam foram invadidas por uma densa vegetação e criaturas com aspecto jurássico habitam as sombras. Confusos e ainda ameaçados pelo incurável vírus Medusa, os sobreviventes se reúnem e tentam escapar do prédio, em busca de ajuda e respostas.
Genshiken segue a história de um grupo de estudantes colegiais unidos por seus hobbies em comum e suas experiências no mundo dos aficionados. A trama começa com a introdução de Kanji Sasahara, um calouro tímido e inseguro da universidade de Shiou que decide se juntar a um clube que aprecie de verdade o que ele é: um Otaku.
Nessa busca, o jovem conhece Kôsaka, um otaku de longa data, que o convida para conhecer seu grupo de estudos de cultura pop, o Genshiken. Ali, o rapaz conhece outras pessoas com os mesmo interesses que ele. Nada poderia dar errado, não é?
